En sjukdom där immunförsvaret, naturligtvis för att skydda kroppen från främmande inkräktare som virus och bakterier, istället vänder sig mot och orsakar skador på kroppens friska vävnader. Immunförsvaret är en komplex organisation i kroppen som normalt ska "söka och förstöra" inkräktare i kroppen, inklusive smittämnen. Patienter med autoimmuna sjukdomar har ofta ovanliga antikroppar som cirkulerar i blodet som riktar sina egna kroppens vävnader.

Exempel på autoimmuna sjukdomar är systemisk lupus erythematosus, Sjögrens syndrom, Hashimoto tyreoidit, reumatoid artrit, juvenil (typ 1) diabetes, polymyosit, sklerodermi, Addison sjukdom, vitiligo, perniciös anemi, glomerulonefrit och lungfibros.

Autoimmuna sjukdomar är vanligare hos kvinnor än hos män. Det är känt att östrogen hondjur kan påverka immunförsvaret att predisponerar vissa kvinnor för autoimmuna sjukdomar. Dessutom förekomsten av en autoimmun sjukdom ökar risken för att utveckla en annan samtidig autoimmun sjukdom.