CIS scanning består av en rörlig uppsättning av röda, gröna och blå lysdioder strobed för belysning och en ansluten monokromatiska fotodiod matris för ljus insamling. Bilder som ska skannas är placerade ansiktet ner på glaset och en ogenomskinlig täcker sänks under det att utesluta omgivande ljus sensor array och ljuskälla flytta över fönstret, läsa hela området. En bild syns därför till detektorn endast på grund av det ljus den reflekterar. Transparent bilder inte fungerar på detta sätt, och kräver speciella tillbehör som lyser upp dem från ovansidan. Många skannrar erbjuda detta som ett alternativ.