Rayquaza är en stor, grön, flygande serpentine-liknande varelse med röd-lutad, roder-liknande vingar på sina axlar och dess organ, och likaså mönstrad fenor på spetsen av svansen. Gul ringar köra över längden på Rayquazas organ och har en ytterligare gula ring på toppen av huvudet. Rayquaza har två delgrunder med tre-totala karpalben och två långa, platt, horn-liknande strukturer på huvudet, med två mindre horn under dem.. Rayquaza verkar ha en framstående gumline, med endast två urskiljas huggtänder på spetsen av övre nosen, de andra utskjutande i sin mun uppenbarligen från spetsiga gummiarter. Det har små, gula ögon med svarta elever. Sina ögon och märkningar likna de både Kyogre och Groudon.