En teknik för avskiljande av en ström av stora joner accelereras i ett magnetfält. Motstånd mot omläggning av jonen från sin väg är ett mått på dynamiken i ion, och därmed av dess massa. i de tidigaste versionerna, provmaterial var volatilized av värme och joniserat av en elektronstråle. Senare tekniker att provet ur dess flytande eller fast fas, dvs desorption, och jonisering av det, är snabb-atom beskjutning MS (FA-MS) av en stråle av joner, och plasma desorption MS (PD-MS) av bestrålning av dotternuklider från 252Cf sönderfall. i fältet-desorption MS (FD-MS) ett prov först joniserade och sedan volatilized, en process som inducerar mycket mindre termisk stress på prov än fältet-jonisering MS, där urvalet är först volatilized och sedan joniserat i ett elektrostatiska fält. i laser-assisted desorption MS (LD-MS) och matrix-assisted laser desorption/jonisering MS (MALDI-MS) provet utbyten energi med en fast eller flytande matris för att minimera skador på provet och isolera en prov molekyl från andra. i elektrospray jonisering MS (ES-MS), atomisering av lösning partiklar av protein joner från vilken lösningsmedlet evaporeras i vakuum bladen multiplicera laddade protein joner.